Dans Sakugan, nous sommes plongés dans un monde complètement remodelé : les humains vivent entassés les uns sur les autres dans un endroit nommé le Labyrinthe, qui n’est autre qu’un monde souterrain. Le calendrier grégorien n’est plus utilisé depuis longtemps, et les habitudes ont bien changé.

Dans ce monde surréaliste, les différentes sections de l’humanité sont divisées en plusieurs colonies. L’avantage de vivre dans le monde souterrain, c’est que l’on peut y puiser des filons d’or, d’argent ainsi que d’autres minerais à haute valeur. L’inconvénient, c’est que les températures y sont souvent extrêmes, et que le danger guette en permanence celles et ceux qui s’y aventurent.

Nous suivons l’histoire d’une fillette de neuf ans, répondant au nom de Memempu. Elle est accompagnée par son père Gagumber. Les deux, même s’ils se tancent régulièrement, s’aiment bien et leur duo fonctionne bien, notamment pour miner du minerai. Mais la jeune fille souhaite en savoir davantage sur sa mère, qui a disparu loin de la colonie.

Il faut cependant qu’elle devienne une marqueuse : c’est une profession d’exploration, très périlleuse puisque seulement 5 % des personnes survivent. En effet, au moins une créature s’attaque régulièrement à n’importe quelle forme de vie qui serait dans les tunnels.