Dans Tomodachi Game, on suit l’histoire de Katagiri Yuuichi. Il est convaincu que les amis sont plus importants que l’argent, mais il sait aussi combien il est difficile de ne pas avoir assez d’argent. Il travaille dur pour économiser afin de pouvoir partir en voyage scolaire, car il a promis à ses quatre meilleurs amis de partir tous ensemble.

Cependant, une fois l’argent de la classe collecté, il est volé ! Les soupçons se portent sur deux des amis de Yuuichi, Sawaragi Shiho et Shibe Makoto.

Peu après, ils sont tous les cinq kidnappés et se réveillent dans une pièce étrange avec un personnage d’un anime éphémère. Apparemment, l’un d’entre eux les a inscrits à un « jeu de l’amitié » afin de régler leur énorme dette.

Mais qui était-ce, et pourquoi avaient-ils une telle dette ? Aurait-il pu voler l’argent de la classe pour payer l’entrée dans le jeu ? Yuuichi et ses meilleurs amis devront réussir des jeux psychologiques qui mettront à l’épreuve ou détruiront leur foi les uns envers les autres.