Deux ans ont passé depuis le raid de la GCC sur Anteiku. Bien que l’atmosphère de Tokyo ait radicalement changé en raison de l’influence accrue de la GCC, les goules continuent de poser problème, car elles ont commencé à se montrer prudentes, notamment l’organisation terroriste Arbre Aogiri, qui reconnaît la menace croissante de la GCC pour son existence.

La mise sur pied d’une équipe spéciale, connue sous le nom d’escouade Quinx, pourrait donner à la GCC l’impulsion dont elle a besoin pour exterminer les résidents indésirables de Tokyo.

Les Quinx sont des humains qui ont subi une opération chirurgicale afin d’utiliser les capacités spéciales des goules. Ils prennent part aux opérations visant à éradiquer ces dangereuses créatures.

Haise Sasaki, le leader de ce groupe, est une personne mi-goule, mi-humaine qui a été formée par le célèbre enquêteur de classe spéciale, Kishou Arima. Mais ce jeune homme est bien plus qu’il n’y paraît, car des souvenirs inconnus s’immiscent dans son esprit, lui rappelant lentement la personne qu’il était auparavant.